目前很多苹果园存在土壤板结，土壤盐渍化，有机菌肥施用量严重不足，偏施氮、磷肥、不重视中微量元素，果园土壤养分利用率不高等问题。尤其是土壤有机质含量极低，国内大多数苹果园土壤有机质不足1%，而国外的最高达6%。土壤的有机质含量偏低，会影响土壤的保水透水性、透气性和养分利用率，造成苹果黄化、水裂纹等缺素或生理性病害，对果实品质影响较大。
一、土壤普遍存在的问题
1、土壤酸化及盐渍化
土壤酸化易滋生病菌,根际病害增加。土壤pH下降,吸附在土壤胶体上的钙、镁、钾等阳离子的数量会被过度消耗，表现出各种缺素症和生长不良现象；土壤盐渍化使土壤结构被破坏，土壤板结、肥力下降，苹果根系及地上部分生长受阻。
2、土壤缺少有益的微生物菌群
有益微生物能促进根系吸收营养，还能产生促进作物生长的物质、抑制有害病菌，起到改良土壤，保护作物生长环境的作用，但土壤中的有益微生物因大量使用化肥、农药等遭到破坏大大减少。
3、土壤板结
土壤板结主要是因为长期施用无机肥，不重视有机肥的使用，造成土壤有机质含量不断降低，影响微生物的活性,从而影响土壤团粒结构的形成,导致土壤板结。
这三大问题都会导致作物根系生长受阻，影响根系对营养物质的吸收利用；土壤保水保肥性差；易发生根部病害，从而导致作物生长出现异常。